第六天的囊胚发生胎停的概率较低，但并不能完全排除。

虽然第六天的囊胚已经形成囊状结构，标志着早期胚胎发育的重要里程碑，但仍处于发育的关键时期。尽管此时胎停的可能性较小，但由于囊胚本身发育不成熟，加上各种内外部因素的影响，仍有可能出现胎停现象。因此，建议定期进行孕期检查，密切关注胎儿健康状况，以减少胎停的风险。

如果孕妇存在黄体功能不足、甲状腺功能减退等问题，可能会影响囊胚着床和发育，增加胎停风险。

关注孕妇的身体变化，及时就医进行相关检查，特别是对于有不良孕史或高危因素的患者尤为重要。